生体分子のためのAI・シミュレーション

• FP-rDock

  タンパク質柔軟性を考慮したタンパク質-化合物ドッキング計算を実行する

• Parallel-rDock

  スパコンを用いてタンパク質-化合物ドッキング計算を高速に実行する

• Virtual Ligand (VL) method

  仮想リガンドによりタンパク質ポケット空間を膨張させた後、化合物ドッキング・MD/MM-PBSA法により医薬品化合物の結合ポーズを予測する

• ChemTS

  所望の特性を持つ化合物を、深層学習とシミュレーションを組み合わせて設計する

• MP-CAFEE

  標的タンパク質と低分子量有機化合物の結合親和性（結合自由エネルギー）を大規模分子動力学シミュレーションによって精密に計算する

• QM/MM RWFE-SCF 法

  非経験的量子化学計算と長時間分子動力学シミュレーションを組み合わせた確率的最適化手法により、機能活性部位の電子状態と分子構造を精度よく決定する

• CafeMol

  生体分子の粗視化分子動力学シミュレーション

• SCUBA

  全原子モデル計算により核酸やタンパク質などの生体高分子を対象にした分子動力学シミュレーションを実行する

• evERdock

  タンパク質ータンパク質ドッキングによって生成した大量のデコイから全原子モデルを使った高速計算で結合自由エネルギーを評価することによって尤もらしいものを選択する

• dPaCS-MDMSM

  タンパク質複合体の解離シミュレーションによってタンパク質複合体の結合エネルギー・解離速度定数・結合速度定数を計算

• ColDock

  タンパク質と低分子の複合体立体構造を全原子モデルで高速に予測する

• FEP

  標的タンパク質とリガンドの結合親和性を精密に計算する

• GaREUS

  Gaussian accelerated Molecular Dynamics (GaMD)法とREUS法を組合せることで生体分子の構造サンプリングの効率を向上させる

• gREST/REUS

  gREST法とREUS法を組合せることでリガンド-タンパク質結合のサンプリング効率を向上させる

• generalized Replica-Exchange with Solute Tempering combined with a flat-bottom restraint

  gREST法によってリガンドのサンプリングを加速し、リガンド結合ポーズを予測する

• GENESIS

  タンパク質、膜、核酸、糖鎖など、生体内分子系のための分子動力学ソフトウェア