生体分子のためのAI・シミュレーション

• 心毒性予測システム

  薬剤が不整脈を誘発するリスクを予測するために心筋イオンチャネルに対する薬剤の親和性を予測する

• BPBI

  MM-PBSAを用いた自由エネルギー計算の際、初期ドッキングポーズを機械学習で適切に選択することで、高速化する

• TSMD

  タンパク質のフォールディングの過程を、高速にシミュレーションすることができる

• WaterHall

  MDシミュレーションで得られる構造ファイル群に対して、計算位相幾何学的にタンパク質周囲の水分子分布を特徴付ける

• DirectionalStatistics

  ペプチド・タンパク質の２面角群に対して、周期性を考慮した平均・分散を算出する

• Naive Bayes Classifier

  ペプチド・タンパク質の構造をナイーブベイズ分類器によって、構造変化を検知する

• QM/MM RWFE-SCF 法

  非経験的量子化学計算と長時間分子動力学シミュレーションを組み合わせた確率的最適化手法により、機能活性部位の電子状態と分子構造を精度よく決定する

• CafeMol

  生体分子の粗視化分子動力学シミュレーション

• SCUBA

  全原子モデル計算により核酸やタンパク質などの生体高分子を対象にした分子動力学シミュレーションを実行する

• dPaCS-MDMSM

  タンパク質複合体の解離シミュレーションによってタンパク質複合体の結合エネルギー・解離速度定数・結合速度定数を計算

• ColDock

  タンパク質と低分子の複合体立体構造を全原子モデルで高速に予測する

• FEP

  標的タンパク質とリガンドの結合親和性を精密に計算する

• GaREUS

  Gaussian accelerated Molecular Dynamics (GaMD)法とREUS法を組合せることで生体分子の構造サンプリングの効率を向上させる

• gREST/REUS

  gREST法とREUS法を組合せることでリガンド-タンパク質結合のサンプリング効率を向上させる

• generalized Replica-Exchange with Solute Tempering combined with a flat-bottom restraint

  gREST法によってリガンドのサンプリングを加速し、リガンド結合ポーズを予測する

• GENESIS

  タンパク質、膜、核酸、糖鎖など、生体内分子系のための分子動力学ソフトウェア

• タンパク運動性予測（DEFMap）

  cryoEM解析で得られる3次元密度マップから運動性を予測する

• タンパク3D構造予測

  概要文が入ります。