Application examples

Parallel-rDock

  1. CDK2タンパク質を計算題材とし、活性・デコイ化合物群の高い分類能力（AUC=0.8）を達成
    Ruiz-Carmona S, Alvarez-Garcia D, Foloppe N, Garmendia-Doval AB, Juhos S, Schmidtke P, Barril X, Hubbard RE, Morley SD, "rDock: a fast, versatile and open source program for docking ligands to proteins and nucleic acids." PLoS Comput Biol. 10(4):e1003571 (2014)

gREST

  1. タンパク質の折り畳みへ適用
    M. Kamiya and Y. Sugita, J. Chem. Phys. 149, 072304 (2018)
  2. 糖鎖の構造サンプリングへ適用
    Y. Sugita, M. Kamiya, H. Oshima, S. Re, "Replica-Exchange Methods for Biomolecular Simulations" In: Bonomi M., Camilloni C. (eds) "Biomolecular Simulations", Methods in Molecular Biology, vol 2022, Humana, New York, NY (2019)
  3. リゾチームへのリガンド結合シミュレーションへ適用し、結合ポーズの予測に成功した。結合するリガンドと結合しないリガンドを正しく分類
    A. Niitsu, S. Re, H. Oshima, M. Kamiya, Y. Sugita, J. Chem. Inf. Model. 59, 3879-3888 (2019)
  4. レプリカ交換アンブレラサンプリング法(REUS)と組み合わせることでリガンド結合のメカニズムを解明
    S. Re, H. Oshima, K. Kasahara, M. Kamiya, Y. Sugita, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 116, 18404-18409 (2019)