ソフトウェア一覧
FP-rDock
タンパク質柔軟性を考慮したタンパク質-化合物ドッキング計算を実行する
Parallel-rDock
スパコンを用いてタンパク質-化合物ドッキング計算を高速に実行する
Virtual Ligand (VL) method
仮想リガンドによりタンパク質ポケット空間を膨張させた後、化合物ドッキング・MD/MM-PBSA法により医薬品化合物の結合ポーズを予測する
心毒性予測システム
薬剤が不整脈を誘発するリスクを予測するために心筋イオンチャネルに対する薬剤の親和性を予測する
COMBO
ベイズ最適化を用いた実験計画
ChemTS
所望の特性を持つ化合物を、深層学習とシミュレーションを組み合わせて設計する
BPBI
MM-PBSAを用いた自由エネルギー計算の際、初期ドッキングポーズを機械学習で適切に選択することで、高速化する
TSMD
タンパク質のフォールディングの過程を、高速にシミュレーションすることができる
FUJI force field
高精度タンパク質力場
MP-CAFEE
標的タンパク質と低分子量有機化合物の結合親和性（結合自由エネルギー）を大規模分子動力学シミュレーションによって精密に計算する
WaterHall
MDシミュレーションで得られる構造ファイル群に対して、計算位相幾何学的にタンパク質周囲の水分子分布を特徴付ける
DirectionalStatistics
ペプチド・タンパク質の２面角群に対して、周期性を考慮した平均・分散を算出する
Naive Bayes Classifier
ペプチド・タンパク質の構造をナイーブベイズ分類器によって、構造変化を検知する
QM/MM RWFE-SCF 法
非経験的量子化学計算と長時間分子動力学シミュレーションを組み合わせた確率的最適化手法により、機能活性部位の電子状態と分子構造を精度よく決定する
CafeMol
生体分子の粗視化分子動力学シミュレーション
SCUBA
全原子モデル計算により核酸やタンパク質などの生体高分子を対象にした分子動力学シミュレーションを実行する
evERdock
タンパク質ータンパク質ドッキングによって生成した大量のデコイから全原子モデルを使った高速計算で結合自由エネルギーを評価することによって尤もらしいものを選択する
dPaCS-MDMSM
タンパク質複合体の解離シミュレーションによってタンパク質複合体の結合エネルギー・解離速度定数・結合速度定数を計算
ColDock
タンパク質と低分子の複合体立体構造を全原子モデルで高速に予測する
FEP
標的タンパク質とリガンドの結合親和性を精密に計算する
GaREUS
Gaussian accelerated Molecular Dynamics (GaMD)法とREUS法を組合せることで生体分子の構造サンプリングの効率を向上させる
gREST/REUS
gREST法とREUS法を組合せることでリガンド-タンパク質結合のサンプリング効率を向上させる
generalized Replica-Exchange with Solute Tempering combined with a flat-bottom restraint
gREST法によってリガンドのサンプリングを加速し、リガンド結合ポーズを予測する
GENESIS
タンパク質、膜、核酸、糖鎖など、生体内分子系のための分子動力学ソフトウェア
タンパク運動性予測（DEFMap）
cryoEM解析で得られる3次元密度マップから運動性を予測する
タンパク3D構造予測
概要文が入ります。
タンパク構造ベース化合物最適化生成モデル（SBMolGen）
概要文が入ります。
抗原抗体結合デザイン
概要文が入ります。
逆合成経路予測（RetRek）
概要文が入ります。
化合物-タンパク相互作用予測（CGBVS）
化合物とタンパク質の相互作用を予測できる。
分子ネットワーク因果推論（INGOR）
超多項目の計測データから項目（因子・変数）間の因果関係をネットワークとして予測する、B-splineノンパラメトリック回帰モデルを用いたベイジアンネットワークの構造推定ソフトウェアである
ネットワークベース患者層別化（INGOR）
超多項目の計測データから項目（因子・変数）間の因果関係をネットワークとして予測する
生体分子ネットワーク予測（kGCN）
グラフ畳み込み深層学習のための汎用ソフトウェア。グラフ構造として化学式や遺伝子ネットワークなど、幅広いターゲットを有する。