タンパク質と低分子の複合体立体構造を全原子モデルで高速に予測する
ColDock
北尾 彰朗 (東京工業大学 生命理工学院 教授)
北尾 彰朗 (東京工業大学 生命理工学院 教授)
竹村 和浩 (東京工業大学 生命理工学院 特任講師)
タンパク質と低分子の複合体立体構造を全原子モデルで高速に予測する
高濃度条件でタンパク質の周りにリガンドを配置し、結合確率を上昇させ、更に並列に計算を行うことで、複合体を全原子モデルで高速に予測することができる。
【参考文献】
[1] K Takemura, C Sato, A Kitao, ColDock: Concentrated Ligand Docking with All-Atom Molecular Dynamics Simulation. The Journal of Physical Chemistry B 122 (29), 7191-7200 (2018).
【タンパク質ーリガンド複合体立体構造予測】
1. ColDockを用いることでタクロリムスのようなフレキシブルな薬剤が結合したタンパク質複合体構造を全原子モデルで高速に計算できることを示した。(参考文献[1])
竹村和浩、畑宏明、北尾彰朗、タンパク質複合体形成・解離メカニズムと予測、日本物理学会誌、74(8), 533-541 (2019)
通常のMDプログラムで実行できる。
北尾 彰朗(akitao@bio.titech.ac.jp)