TSMD | スパコン「富岳」専用ソフト用ポータルサイト

名称

TSMD（Tree Search Molecular Dynamics Simulation）

開発責任者

津田宏治（東京大学大学院新領域創成科学研究科教授）

主な開発者

寺山慧 (理化学研究所革新知能統合研究センター）

内容

タンパク質のフォールディングの過程を、高速にシミュレーションすることができる。

どんなことができるか

創薬のターゲットを絞り込む際に、タンパク質のフォールディングの過程を知ることで、重要な知見を得ることができる。

関係論文

【参考文献】
[1] K. Shin, D. P. Tran, K. Takemura, A. Kitao, K. Terayama, and K. Tsuda, "Enhancing biomolecular sampling with reinforcement learning: tree search molecular dynamics simulation method," ACS Omega, 2019.

使用例

タンパク質Chignolinのフォールディングパス解析（参考文献[1]）

マニュアル・チュートリアル資料

www.github.com/tsudalab/TSMD

ソフトウェアのホームページ・入手方法

www.github.com/tsudalab/TSMD

問い合わせ先

津田宏治(tsuda@k.u-tokyo.ac.jp)