WaterHall | スパコン「富岳」専用ソフト用ポータルサイト

名称

WaterHall

開発責任者

山下雄史（東京大学先端科学技術研究センター特任准教授）

主な開発者

山下雄史（東京大学先端科学技術研究センター特任准教授）

内容

MDシミュレーションで得られる構造ファイル群に対して、計算位相幾何学的にタンパク質周囲の水分子分布を特徴付ける

どんなことができるか

タンパク質間相互作用等において重要な水分子分布を特徴付け、水の標準的構造からかけ離れた分布を検知する。例えば、タンパク質界面水が自動的に取り出される。

関係論文

[1] K. Sasaki, R. Okajima, and T. Yamashita, AIP Conf. Proc. 2040, 020015 (2018); doi: 10.1063/1.5079057

[2]Edelsbrunner, H., & Harer, J. (2008) Contemporary mathematics, 453, 257-282.

[3]Hiraoka, Y., Nakamura, T., Hirata, A., Escolar, E. G., Matsue, K., & Nishiura, Y. (2016). Proceedings of the National Academy of Sciences, 113(26), 7035-7040.

使用例

タンパク質抗原と抗体のMDシミュレーションから、自動的に親和性に影響を与えそうな界面水を抽出できることを示した。（参考文献[１]）

マニュアル・チュートリアル資料

下記の問い合わせ先にご確認ください。

ソフトウェアのホームページ・入手方法

問い合わせ先にご確認ください。
別途、パーシステントホモロジー計算ソフトウェアHomcoudのインストールが必要です。

問い合わせ先

山下雄史 (yamashita@lsbm.org)

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